Ο ΟΣΕ Α.Ε. έχει πιστοποίηση συστήματος διασφάλισης ποιότητας κατά ISO 9001: 2008.
Η πιστοποίηση ισχύει για το κάτωθι πεδίο εφαρμογής:
Κεντρικές Επιχειρησιακές λειτουργίες διαχειριστή σιδηροδρομικής υποδομής (διαχείριση της ανάπτυξης δικτύου, διαχείριση της συντήρησης της σιδηροδρομικής γραμμής, διαχείριση της ηλεκτροκίνησης και των Η/Μ (ηλεκτρομηχανολογικών) συστημάτων και διαχείριση της κυκλοφορίας)